要回答这个问题，首先要搞清楚清朝设立吉林将军和黑龙江将军的具体时间和辖区划分。
话说早在清朝顺治10年时，也就是公元年，清朝政府开始设置“宁古塔昂邦章京”，到康熙元年，公元年，改称为“镇守宁古塔等处将军”，简称“宁古塔将军”，等到了康熙15年，就是公元年，奉旨移驻吉林乌拉，就是今天的吉林省吉林市。到了乾隆22年，就是公元年，清朝政府将宁古塔将军正式更改名字，叫作“镇守吉林乌拉等处将军”，简称“吉林将军”。从这时开始，“吉林”由原来的一个城邑扩大成为军事行政双重身份的地区名称，这也是今天吉林省的开端。
当时的吉林将军辖区大体包括了松花江、绥芬河、牡丹江、图们江流域，西边从今天的辽宁省铁岭市开原市威远堡镇开始，当时这里有柳条边墙的边门，东边到乌苏里江两岸，加上整个库页岛在内及尚塔尔群岛，北边到外兴安岭以南至日本海及黑龙江的下游，南至长白山地区的鸭绿江与朝鲜分界。吉林将军辖区的东西长是余里，南北长是余里，从东南到西北是余里，从西南到东北是余里。吉林将军管辖着今天的吉林省东部、黑龙江省东部以及俄罗斯滨海边疆区全部、哈巴罗夫斯克边疆区东南部、萨哈林州大部。在年以前，当时的吉林将军辖区面积近85万平方千米。
清朝康熙22年，就是公元年，清朝政府决定，将宁古塔将军所管辖的西北部地区分出来，设置黑龙江将军。当时的黑龙江将军辖区东边从毕占河开始，南面到松花江与吉林将军辖区接壤，北边到外兴安岭与俄罗斯分界，西边到喀尔喀与蒙古车臣汗部划界。南北距离是余里，东西距离是余里，整个辖区大约是万平方公里。其中，包括今天俄罗斯的外兴安岭以南，至黑龙江中下游流域，西边是现在的俄罗斯贝加尔湖，东边至现在俄罗斯鄂霍茨克海区域。
到公元年，就是清康熙28年，清朝和沙俄签订了《尼布楚条约》，确定两国东段边界，以额尔古纳河、外兴安岭到大海为界，以上是
前的黑龙江将军辖区，这是今天黑龙江省的开端。
根据清朝吉林将军辖区和黑龙江将军辖区的划分，我们就可以知道，清朝时的吉林在黑龙江的东面，而不是今天的南面。至于演变过程，其实是蛮复杂的，历经了清朝、中华民国和中华人民共和国三个朝代，才变成今天这个样子的，这里就不做详细的介绍了。